COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-14 17:00:00 20.723348 20.723348 20.225450
2021-03-13 17:00:00 21.032499 21.032499 20.116285
2021-03-12 17:00:00 22.719496 22.719496 19.965815
2021-03-11 17:00:00 19.991746 19.991746 19.900017
2021-03-10 17:00:00 18.528103 18.528103 19.742330
2021-03-09 17:00:00 18.234952 18.234952 19.509854
2021-03-08 17:00:00 23.345480 19.620864 19.401744

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-14 17:00:00 13.243132 13.243132 15.848159
2021-03-13 17:00:00 14.821677 14.821677 15.961712
2021-03-12 17:00:00 27.379054 27.379054 15.975100
2021-03-11 17:00:00 19.029734 19.029734 16.258528
2021-03-10 17:00:00 12.375250 12.375250 16.580375
2021-03-09 17:00:00 10.042965 10.042965 16.498360
2021-03-08 17:00:00 11.736887 11.736887 15.682873

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-14 17:00:00 18.434783 18.434783 16.520806
2021-03-13 17:00:00 20.176730 20.176730 16.442874
2021-03-12 17:00:00 15.807175 15.807175 16.389646
2021-03-11 17:00:00 15.680166 15.680166 16.377413
2021-03-10 17:00:00 14.411028 14.411028 16.324427
2021-03-09 17:00:00 16.077739 16.077739 16.190848
2021-03-08 17:00:00 12.962963 15.591699 15.719880

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-14 17:00:00 14.734774 14.734774 11.668720
2021-03-13 17:00:00 11.307566 11.307566 11.541980
2021-03-12 17:00:00 11.923378 11.923378 11.362502
2021-03-11 17:00:00 12.861137 11.307566 11.176149
2021-03-10 17:00:00 10.703480 10.703480 10.976016
2021-03-09 17:00:00 6.699640 11.690647 10.647834
2021-03-08 17:00:00 8.113036 10.107261 10.326986

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-14 17:00:00 18.928737 18.928737 18.689974
2021-03-13 17:00:00 17.786920 17.786920 18.670783
2021-03-12 17:00:00 23.473011 23.473011 18.508847
2021-03-11 17:00:00 17.080158 17.080158 18.358578
2021-03-10 17:00:00 19.677022 19.677022 18.152027
2021-03-09 17:00:00 19.347236 19.347236 18.062550
2021-03-08 17:00:00 25.480471 17.766346 18.012026

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-14 17:00:00 38.135486 38.135486 39.773032
2021-03-13 17:00:00 39.207868 39.207868 39.913484
2021-03-12 17:00:00 45.635910 45.635910 39.905940
2021-03-11 17:00:00 39.913019 39.913019 39.373795
2021-03-10 17:00:00 30.563041 42.100411 38.982861
2021-03-09 17:00:00 43.075013 32.408272 38.672707
2021-03-08 17:00:00 61.473554 40.237085 38.330292

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-14 17:00:00 18.431492 18.431492 21.602738
2021-03-13 17:00:00 23.164803 23.164803 21.590367
2021-03-12 17:00:00 20.450716 20.450716 21.549633
2021-03-11 17:00:00 21.973392 21.973392 21.412937
2021-03-10 17:00:00 22.795472 22.795472 21.306753
2021-03-09 17:00:00 22.964670 22.964670 20.991137
2021-03-08 17:00:00 24.599881 24.599881 20.815454

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-14 17:00:00 8.408353 8.408353 7.699023
2021-03-13 17:00:00 8.648228 8.648228 7.567334
2021-03-12 17:00:00 7.985638 7.985638 7.471522
2021-03-11 17:00:00 7.791870 7.791870 7.453633
2021-03-10 17:00:00 7.356997 7.356997 7.403973
2021-03-09 17:00:00 7.152854 7.152854 7.306771
2021-03-08 17:00:00 13.821903 5.451298 7.184713

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-14 17:00:00 15.696822 15.696822 12.900131
2021-03-13 17:00:00 11.677444 11.677444 12.746785
2021-03-12 17:00:00 14.376771 14.376771 12.709494
2021-03-11 17:00:00 13.115285 13.115285 12.755027
2021-03-10 17:00:00 11.728395 11.728395 12.755809
2021-03-09 17:00:00 9.590101 9.590101 12.746943
2021-03-08 17:00:00 17.282958 12.728644 12.787600

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-14 17:00:00 33.177677 33.177677 36.137953
2021-03-13 17:00:00 36.891909 36.891909 36.115635
2021-03-12 17:00:00 37.836858 37.836858 35.916092
2021-03-11 17:00:00 34.705987 34.705987 35.666277
2021-03-10 17:00:00 32.687759 32.687759 35.433032
2021-03-09 17:00:00 35.790027 35.790027 35.355512
2021-03-08 17:00:00 28.340929 55.499446 35.059075

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-14 17:00:00 16.979052 16.979052 21.726044
2021-03-13 17:00:00 26.448030 26.448030 21.562728
2021-03-12 17:00:00 24.461237 24.461237 21.564704
2021-03-11 17:00:00 21.284955 21.284955 21.629356
2021-03-10 17:00:00 18.840890 18.840890 21.325313
2021-03-09 17:00:00 10.620136 21.390911 20.576947
2021-03-08 17:00:00 20.173410 21.313131 20.401407

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-14 17:00:00 6.280193 6.280193 8.580670
2021-03-13 17:00:00 13.282248 13.282248 8.425100
2021-03-12 17:00:00 8.488372 8.488372 8.760064
2021-03-11 17:00:00 12.068966 12.068966 8.707518
2021-03-10 17:00:00 6.762468 9.931719 8.720019
2021-03-09 17:00:00 5.442177 3.065134 8.602650
2021-03-08 17:00:00 8.215962 4.682274 8.709597

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-14 17:00:00 52.551020 52.551020 56.532627
2021-03-13 17:00:00 58.653846 58.653846 59.638273
2021-03-12 17:00:00 54.646840 54.646840 60.245735
2021-03-11 17:00:00 66.123779 66.123779 60.260544
2021-03-10 17:00:00 52.722772 52.722772 61.123144
2021-03-09 17:00:00 81.651376 81.651376 62.828922
2021-03-08 17:00:00 61.538462 61.538462 63.554522

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-14 17:00:00 61.486486 61.486486 62.082964
2021-03-13 17:00:00 71.556886 71.556886 61.140567
2021-03-12 17:00:00 68.872549 68.872549 60.604783
2021-03-11 17:00:00 72.834646 72.834646 60.279507
2021-03-10 17:00:00 64.490446 64.490446 59.486212
2021-03-09 17:00:00 28.063241 28.063241 58.636793
2021-03-08 17:00:00 34.728033 114.644351 59.051670

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-14 17:00:00 23.423148 15.544041 19.422837
2021-03-13 17:00:00 20.715794 20.715794 19.408409
2021-03-12 17:00:00 28.531073 19.988311 19.683490
2021-03-11 17:00:00 21.996969 21.996969 20.321676
2021-03-10 17:00:00 22.144374 22.144374 20.493497
2021-03-09 17:00:00 19.120713 19.120713 20.496257
2021-03-08 17:00:00 28.173590 12.818753 20.762284

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-14 17:00:00 58.254628 26.622928 28.397307
2021-03-13 17:00:00 29.010239 29.010239 28.675161
2021-03-12 17:00:00 28.808055 28.808055 28.798329
2021-03-11 17:00:00 28.546471 28.546471 29.096705
2021-03-10 17:00:00 23.201890 23.201890 29.216970
2021-03-09 17:00:00 21.617079 21.617079 28.688675
2021-03-08 17:00:00 21.146315 50.836597 28.887889

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-14 17:00:00 6.406080 5.715670 5.001753
2021-03-13 17:00:00 4.956689 4.956689 4.927163
2021-03-12 17:00:00 4.535730 4.535730 4.819053
2021-03-11 17:00:00 6.037736 6.037736 4.766196
2021-03-10 17:00:00 3.137066 3.137066 4.695389
2021-03-09 17:00:00 7.097715 7.097715 4.591923
2021-03-08 17:00:00 7.142857 3.304179 4.503098

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-14 17:00:00 14.359335 14.359335 13.333425
2021-03-13 17:00:00 12.940474 12.940474 13.279606
2021-03-12 17:00:00 13.070260 13.070260 13.187738
2021-03-11 17:00:00 13.686354 13.686354 13.111921
2021-03-10 17:00:00 13.587488 13.587488 12.961068
2021-03-09 17:00:00 13.452408 13.452408 12.865660
2021-03-08 17:00:00 12.055243 12.055243 12.654114

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-14 17:00:00 11.927612 11.927612 10.775168
2021-03-13 17:00:00 11.246819 11.246819 10.691610
2021-03-12 17:00:00 10.897543 10.897543 10.591051
2021-03-11 17:00:00 9.880853 9.880853 10.487604
2021-03-10 17:00:00 10.227003 10.227003 10.349134
2021-03-09 17:00:00 8.704348 11.243478 10.229978
2021-03-08 17:00:00 13.015749 10.288919 10.042137

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-14 17:00:00 30.963303 30.963303 25.593074
2021-03-13 17:00:00 24.257426 24.257426 25.678463
2021-03-12 17:00:00 21.303502 21.303502 25.996171
2021-03-11 17:00:00 28.818737 28.818737 26.227299
2021-03-10 17:00:00 25.583405 25.583405 26.324080
2021-03-09 17:00:00 19.446773 19.446773 26.981261
2021-03-08 17:00:00 33.600000 29.537954 27.348096

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-14 17:00:00 18.784530 18.784530 13.032152
2021-03-13 17:00:00 11.923077 11.923077 11.974546
2021-03-12 17:00:00 23.728814 23.728814 11.780520
2021-03-11 17:00:00 16.019417 16.019417 11.418138
2021-03-10 17:00:00 6.825939 6.825939 10.860465
2021-03-09 17:00:00 4.371585 4.371585 10.420382
2021-03-08 17:00:00 55.555556 55.555556 10.029637

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-14 17:00:00 34.313514 34.313514 32.149447
2021-03-13 17:00:00 35.537300 29.416126 32.067826
2021-03-12 17:00:00 34.810811 28.360360 32.314005
2021-03-11 17:00:00 31.084337 31.084337 32.614113
2021-03-10 17:00:00 31.592795 31.592795 32.807918
2021-03-09 17:00:00 28.832706 28.832706 32.853491
2021-03-08 17:00:00 32.827407 66.001735 32.415855

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 13.243132 13.243132 15.848159
Basilicata 18.434783 18.434783 16.520806
Calabria 14.734774 14.734774 11.668720
Campania 18.928737 18.928737 18.689974
Emilia-Romagna 38.135486 38.135486 39.773032
Friuli Venezia Giulia 18.431492 18.431492 21.602738
Lazio 8.408353 8.408353 7.699023
Liguria 15.696822 15.696822 12.900131
Lombardia 33.177677 33.177677 36.137953
Marche 16.979052 16.979052 21.726044
Molise 6.280193 6.280193 8.580670
P.A. Bolzano 52.551020 52.551020 56.532627
P.A. Trento 61.486486 61.486486 62.082964
Piemonte 23.423148 15.544041 19.422837
Puglia 58.254628 26.622928 28.397307
Sardegna 6.406080 5.715670 5.001753
Sicilia 14.359335 14.359335 13.333425
Toscana 11.927612 11.927612 10.775168
Umbria 30.963303 30.963303 25.593074
Valle d'Aosta 18.784530 18.784530 13.032152
Veneto 34.313514 34.313514 32.149447

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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